O quadro gestor da Santa Casa de Misericórdia de Goiânia (SCMG) é presidido pelo arcebispo metropolitano da capital, dom João Justino.
O hospital tem como vice-presidente o bispo auxiliar da Arquidiocese de Goiânia, dom Levi Bonatto.

Cabe ao presidente da Santa Casa nomear os superintendentes da instituição, sendo três profissionais ocupantes, respectivamente, da Superintendência Geral, Superintendência Técnica e Superintendência Administrativa.

Os atos ligados ao planejamento estratégico da Santa Casa de Misericórdia de Goiânia são apresentados, sistematicamente, aos membros do Conselho Consultivo, integrado por representantes da Diocese de Goiânia, Sociedade Goiana de Cultura/PUC Goiás e Superintendências da SCMG.